Prediksi Epitop untuk Desain Vaksin Virus Dengue secara In Silico

Abstract

Penyakit akibat infeksi virus dengue menjadi salah satu masalah kesehatan utama di dunia, sehingga diperlukan suatu upaya pencegahan dengan cara pengembangan vaksin. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeskripsikan kandidat epitop yang layak digunakan dalam mendesain vaksin virus dengue secara in silico dan pemanfaatannya sebagai media pembelajaran bioinformatika berupa poster. Data dalam penelitian diperoleh melalui pencarian sekuen protein envelope virus dalam situs NCBI dan RCSB. Prediksi epitop sel T dan sel B dilakukan melalui server MULTIPRED2 dan ElliPro. Pembuktian epitop dilakukan dengan menyusun sekuen vaksin dan homology modeling struktur tiga dimensi vaksin. Evaluasi struktur tiga dimensi vaksin dilakukan dengan mengurangi residu asam amino yang tumpang tindih, menentukan skor QMEAN, nilai Root Mean Square (RMSD), skor Template Modeling (TM) dan menganalisis plot Ramachandran. Validasi vaksin dilakukan melalui server Verify3D. Hasil penelitian menunjukan kandidat epitop yang layak digunakan untuk mendesain vaksin virus dengue terdapat pada urutan asam amino LVTFKTAHA, IQMSSGNLL dan MILMKMKKK. Evaluasi vaksin menunjukkan tidak terdapat residu asam amino tumpang tindih dengan  nilai RMSD dibawah 0,1, skor TM 0,999 dan jumlah residu non glisin yang kurang dari 15% total residu sekuen penyusun vaksin. Validasi sekuen dan struktur tiga dimensi vaksin mencapai 91.58% asam amino yang memiliki skor 3D-1D 0,2.