Desain Primer Polymerase Chain Reaction (PCR) secara In Silico untuk Amplifikasi Gen gyrA Extensively Drug Resistant Tuberculosis (XDR-TB)

Abstract

Perubahan asam amino di area pengikatan fluorokuinolon pada gen gyrA Mycobacterium tuberculosis menyebabkan penanganan dan pengendalian penyakit tuberkulosis menjadi semakin sulit. Teknik PCR dapat dipergunakan untuk mendeteksi adanya resistensi terhadap obat fluorokuinolon dan keberhasilan cara ini tergantung pada primer yang digunakan. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain kandidat primer gen gyrA XDR-TB secara in silico. Data yang digunakan dalam penelitian ini diperoleh melalui pencarian dalam situs GeneBank NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov). Desain primer ini dilakukan dengan menggunakan beberapa software dan situs bioinformatika, seperti software BioEdit versi 7.2.6, FastPCR 6.6 dan OligoAnalyzer (https://sg.idtdna.com/calc/analyzer). Studi ini berhasil mendesain sepasang kandidat primer dengan suhu Tm 57,8^ºC dan telah memenuhi karakter primer yang baik yaitu primer-forward (5’-AACATTGAGGACCAGTCTAGCGA-3’) memiliki  panjang 23 bp dan GC content 47,8%, sedangkan primer-reverse (5’-CCAGCAGATAGGTGCCTTCAC-3’) dengan panjang 21 bp dan GC content 57,1% serta terdapat peluang terbentuknya self-dimer sebanyak 1 bentuk.